He asignado una IP a un dominio y luego he asignado el dominio a una subcuenta. ¿Continuará la asignación de IP a la subcuenta?

No, la IP asignada a un dominio no se asigna a una subcuenta, si se asigna un dominio a una subcuenta.

Tienes que asignar la IP por separado a la subcuenta.

Sólo el usuario de la subcuenta puede vincular la IP asignada al dominio asignado.